پس از انقلاب ۱۳۵۷، کاخ مرکزی تاج، شبانه توسط کمیته انقلاب اسلامی تسخیر[۵۲][۵۳] و موزه باشگاه تاج مورد سرقت واقع شد و بسیاری از اماکن باشگاه تاج مانند فروشگاه و دفتر مرکزی از دست گردانندگان باشگاه خارج و به سازمانهایی همچون تربیت بدنی و تبلیغات اسلامی واگذار شدند.[۵۴] سپس در حالی که چند گروه مختلف سیاسی قصد مصادره باشگاه را داشتند[۵۵] و حسین فکری، سرپرست موقت سازمان تربیت بدنی به ۲۲ تن از بازیکنان تاج رضایتنامه داده و به آنان اعلام کرده بود که به هرجا دوست دارند میتوانند بروند،[۳۸] با تلاش و سماجت جمعی از بازیکنان آن زمان و سابق باشگاه همچون عنایتالله آتشی (از تیم بسکتبال تاج)، عباس کردنوری، حسن نظری، ناصر حجازی، جواد قراب، رضا عادلخانی، حسن روشن، مهدی کشاورز، قاضی شعار، هادی نراقی و به خصوص منصور پورحیدری و تعدادی از هواداران باشگاه از انحلال و مصادره تاج جلوگیری شد.[۵۵] سال بعد در حالی که تیم تاج قصد داشت در مسابقات جام شهید اسپندی شرکت کند، برگزارکنندگان مسابقات از حضور این تیم با نام تاج جلوگیری کردند و اعلام کردند که تاج یک مجموعهٔ ورزشی مانند امجدیه است و به عنوان یک تیم ورزشی در مسابقات پذیرفته نمیشود.[۵۶] با مشورت برخی از بازیکنان قدیمی و نزدیکان باشگاه از جمله منصور پورحیدری، سیدآقا جلالی، بهرام صفت، پدر حسن روشن و عنایتالله آتشی چند نام همچون استقلال و آزادی و تختی پیشنهاد شدند و در نهایت در بیستم فروردین ۱۳۵۸ نام استقلال برگزیده شد و نام باشگاه به باشگاه فوتبال استقلال تهران، تغییر[۵۵] و باشگاه در جام شهید اسپندی شرکت کرد اما به هر صورت در میانههای برگزاری جام از ادامه مشارکت استقلال جلوگیری شد.[۵۷] با جوانگرایی مربیان پیشین و سازندگی تیمهای پایه، باشگاه در سالهای پایانی دهه ۱۳۵۰ و نخستین دهه ۱۳۶۰ چندان ترکیب اصلی خود را عوض نکرد و از فصل ۱۳۵۸ به دلیل عدم برگزاری مسابقات سراسری به مسابقات استانی جام باشگاههای تهران بازگشت اما این مسابقات در هر دو فصل ۱۳۵۸ و ۱۳۵۹ ناتمام ماندند.[۵۸] منصور پورحیدری بازیکن و مربی سابق باشگاه در فصل ۱۳۵۹ برای نخستین بار پست سرمربیگری باشگاه را بر عهده گرفت،[۵۹] در نیمه نخست دهه ۱۳۶۰ استقلال دو بار در سالهای ۱۳۶۲ و ۱۳۶۴ جام باشگاههای تهران را فتح کرد که قهرمانی این تیم در فصل ۱۳۶۲ نخستین قهرمانیاش با نام نوین استقلال بود.[۳۲] در سالهای ابتدایی دهه ۱۳۶۰ پست مربیگری در استقلال بارها دست به دست شد به گونهای که در ۱۳۶۳ فریدون عسگرزاده به مدت پانزده روز و در ۱۳۶۴ حسن حبیبی به مدت ۴۵ روز این سمت را بر عهده داشتند.[۶۰] پست مدیریت باشگاه نیز میان کارمندان سازمان تربیت بدنی دست به دست شد؛ به عنوان نمونه نادر فریادشیران که در ۱۳۶۴ دروازهبان ذخیره راهآهن بود به دلیل کارمند بودن در سازمان تربیت بدنی همزمان مدیریت باشگاه را نیز بر عهده داشت.[۳۸] اما از ۱۳۶۸ و با تغییر در مدیریت سازمان تربیت بدنی،[۶۱] سیستم مدیریت استقلال نیز عوض شد و ثباتی که این تغییر با خود به همراه آورد[۳۸] باعث شد تا یکی از درخشانترین دورانهای باشگاه استقلال رقم بخورد. آنها در آن ابتدا در چهارمین دوره لیگ قدس که نخستین مسابقات سراسری باشگاهی در ایران پس از انقلاب ۱۳۵۷ بود قهرمان شدند؛[۶۲] استقلال در دیدار فینال این مسابقات پرسپولیس را شکست داد.[۶۳] سپس در ۱۳۶۹ به عنوان نماینده ایران راهی جام باشگاههای آسیا ۹۱–۱۹۹۰ شدند و در حالی که این مسابقات به دلیل جنگ خلیج فارس به تعویق افتاده بود[۶۴] سرانجام در تابستان ۱۳۷۰ مرحله نهاییاش به میزبانی بنگلادش برگزار شد و استقلال در دیدار فینال با پیروزی برابر لیائونینگ از چین موفق شد برای دومین بار قهرمان جام باشگاههای آسیا شود تا نخستین و تا به امروز تنها تیم ایرانی باشد که توانسته است بیش از یک بار قهرمانی در جامهای رسمی بینالمللی را تجربه کند. در این بازیها استقلال باز هم بیشکست ماند[۶۴] و صمد مرفاوی هم با شش گل زده آقای گل این مسابقات شد.[۶۵] استقلال در بهار ۱۳۹۷ در ۱۳۷۰ استقلال یک بار دیگر حضور در فینال جام باشگاههای آسیا را تجربه کرد که در گام آخر در ضربات پنالتی مغلوب تیم الهلال عربستان سعودی شد و از دستیابی به سومین قهرمانی قارهای بازماند.[۶۶] سال بعد و در جام آزادگان ۱۳۷۱ در حالی که استقلال در گروه خود سوم و در جدول کلی مسابقات پنجم شده بود، به دلیل سهمیهبندی استانی آن لیگ و تعدد تیمهای تهرانی مجبور به حضور در مسابقات سوپر جام تهران شد تا جواز حضور در دوره بعدی جام آزادگان را کسب کند و به دنبال عدم موفقیت در آن مسابقات و پر بودن سهمیه تیمهای تهرانی در لیگ دسته دوم به لیگ دسته سوم فرستاده شد تا یکی از نقاط تاریک تاریخ این باشگاه رقم بخورد.[۶۷] در نیمه دوم این دهه نیز استقلال یک بار دیگر و این بار در مقابل تیم ژاپنی جوبیلو ایواتا در بازی فینال مغلوب شد و برای دومین بار به مقام نایب قهرمانی جام باشگاههای آسیا رسید.[۶۸] در ابتدای دهه ۱۳۸۰ دوران طولانی مربیگری منصور پورحیدری در استقلال به پایان رسید[۶۹] و شاگردان و دستیاران این مربی شامل پرویز مظلومی، امیر قلعهنویی و صمد مرفاوی در چند نوبت مربیگری استقلال را در این دهه به عهده گرفتند[۷۰] و به ویژه قلعهنویی دوران موفقی را با این تیم سپری کرد. وی دو بار و در حالی که تنها بعد از پایان فصل به عنوان مربی باشگاه انتخاب شده بود موفق شد جام حذفی را در فصلهای ۸۱–۱۳۸۰ و ۸۷–۱۳۸۶ فتح کند و دو بار نیز موفق به فتح لیگ نوین و حرفهای فوتبال ایران که از ابتدای دهه ۱۳۸۰ پایهگذاری شده بود[۷۱] شد تا تمامی قهرمانیهای استقلال در لیگ در این دهه تحت هدایت این مربی به دست آیند. هرچند تیم استقلال در طی این دهه بارها در هفته یا هفتههای آخر از دستیابی به عنوان قهرمانی در لیگ حرفهای ایران بازماند.[۷۲][۷۳] در زمستان ۱۳۸۵ کوتاهی مسئولان باشگاه استقلال در ارسال به موقع فهرست بازیکنان به کنفدراسیون فوتبال آسیا باعث شد که این کنفدراسیون استقلال را از لیگ قهرمانان آسیا ۲۰۰۷ کنار بگذارد تا یکی از بزرگترین اشتباهات مدیریتی تاریخ این باشگاه رقم بخورد.[۳۲] دهه ۱۳۹۰ نیز با فتح جام حذفی ۹۱–۱۳۹۰ و در ادامه لیگ برتر ۹۲–۱۳۹۱ شروع شد و استقلال در ادامه و در فصل ۹۳–۱۳۹۲ موفق شد بعد از سالها غیبت در مراحل پایانی لیگ قهرمانان آسیا تا مرحله نیمهنهایی این مسابقات صعود کند ولی در برابر تیم سئول از کره جنوبی مغلوب شد و از راهیابی به دیدار پایانی این مسابقات بازماند.[۷۴] پس از ناکامی متوالی مربیان ایرانی در هدایت این تیم به عنوان قهرمانی لیگ برتر ایران، در میانه دهه ۱۳۹۰ سرانجام مدیران باشگاه استقلال سیاست استخدام بازیکنان سابق باشگاه به عنوان مربی را کنار گذاشتند و بعد از پانزده سال یک مربی خارجی، وینفرید شفر را به عنوان مربی این تیم برگزیدند[۷۵] و وی موفق شد تا در نخستین فصل حضورش در استقلال عنوان قهرمانی در جام حذفی را برای این تیم به ارمغان آورد.[۷۶] دوران حضور شفر در استقلال کوتاه بود و به دنبال نتایج ضعیف با استقلال در دومین فصل حضورش از سمت خود برکنار شد و آندرهآ استراماچونی ایتالیایی جانشین وی شد تا بدین ترتیب برای نخستین بار یک مربی که سابقه مربیگری در سری آ را دارد در استقلال مشغول به کار شود.[۷۷]
